• 원인불명의 위장관 출혈 : 상부소화관내시경·결장경검사에서 출혈원인이 발견되지 않았으나, 소장에서의 지속적 또는 반복적 출혈이 의심되는 임상 소견이 있는 경우
• 소장 크론병 : 결장경검사에서 크론병이 확인되지 않았으나, 크론병의 소장 침범이 의심되는 임상 소견이 있는 경우. 다만, 부득이하게 환자상태에 따라 결장경검사를 시행할 수 없는 경우에는 소장영상검사를 인정함
• 소장 종양 또는 폴립증 : 소장영상검사에서 소장 종양 또는 폴립증이 의심되는 경우
• 기타 소장질환 : 소장질환이 의심되나 타 검사방법으로 진단되지 않아 2차적으로 시행한 경우

위 적응증 중 4)에 해당하는 질환에 시행한 경우에는 캡슐내시경검사료와 「치료재료 급여·비급여 목록 및 급여상한금액표」의 중분류명 “캡슐 내시경 검사용” 치료재료비용은「선별급여 지정 및 실시 등에 관한 기준」에 따라 본인부담률을 80%로 적용함